Фамилия Неаполитанская почти наверняка связана с церковной средой, а не с итальянскими корнями предков. В России такие фамилии давали не по географическому принципу, а по календарю: будущих священнослужителей нередко наделяли фамилиями, образованными от эпитетов святых. В данном случае основой послужил святой Януарий Неаполитанский — священномученик, почитаемый и католической, и православной церквами, покровитель Неаполя. Его имя в народном сознании прочно связалось с городом, поэтому фамилия и закрепилась в форме прилагательного.

Календарь неаполитанской церкви указывает два дня памяти Януария — 13 апреля, когда мощи перенесли из Поццуоли в катакомбы Сан-Дженнаро, и 19 сентября, день его мученичества. Это один из тех святых, чьё почитание вышло далеко за пределы Италии, что и объясняет появление фамилии в русской традиции. Вполне вероятно также, что такую фамилию получил знаток неаполитанской культуры — например, человек, побывавший в Италии или изучавший её наследие, но эта версия менее распространена.

Сам город Неаполь, покровителем которого считается святой Януарий, ныне третий по величине в Италии. Основанный греками в VIII веке до нашей эры, он получил название, которое с древнегреческого переводится как «новый город». В XII—XIX веках Неаполь был столицей Неаполитанского королевства — государства в Южной Италии, занимавшего территорию нынешней Италии. Однако для носителя фамилии эти исторические подробности вторичны: важнее то, что фамилия звучала как указание на церковный праздник или на особое отношение к святому.

Обратим внимание на форму слова. Фамилия Неаполитанская образована по модели притяжательных прилагательных с суффиксом -ск-, типичных для фамилий духовенства. Интересно, что здесь действует тот же принцип, что и в случае с фамилией Розов: от нарицательного «роза» возникала фамилия Розов, а не Розин, хотя по правилам русского языка суффикс -ов присоединяется только к словам мужского рода. Так и с Неаполем: фамилия пошла не от названия города напрямую, а от церковного прозвания святого, что и закрепило форму женского рода в родовом имени.

Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому точно определить время и место происхождения рода Неаполитанских можно лишь на основании серьёзных генеалогических исследований. Семейные архивы, метрические книги и исповедные ведомости могли бы пролить свет на то, в какой семинарии или приходе впервые дали эту фамилию, но без таких документов остаётся довольствоваться лингвистическим анализом. Ясно одно: перед нами яркий пример того, как церковная традиция превращала географическое название в русскую родовую фамилию.