Фамилия Нечупей — редкий пример фамилии, образованной от глагольной формы с отрицанием. Её основа — повелительное наклонение «не чупей», где «чупей» — диалектный или просторечный вариант глагола «чупать», то есть «целовать» или «сосать». В разных говорах «чупать» могло означать и «хлебать», «есть вяло и неохотно». Таким образом, фамилия буквально переводится как «не целуй» или «не хлебай». Это так называемая «запретительная» фамилия, распространённая в украинской и южнорусской антропонимии: Непей, Непий, Нежлукто, Непийпиво.

Словообразовательная модель здесь необычна. В русских фамилиях редко встречается чистая глагольная основа без суффикса -ов/-ев или -ин. Обычно такие формы либо остаются прозвищами, либо застывают в виде фамилий у украинцев и белорусов, где фамилии на -ей (Нечупей, Непей) — норма. Суффикса в привычном понимании нет: фамилия представляет собой целую фразу, превращённую в родовое имя. Это указывает на то, что первый носитель получил прозвище за какую-то привычку или случай, связанный с действием, которое ему запрещали или которое он сам отвергал.

Вероятнее всего, фамилия украинского происхождения. Форма «чупей» характерна для западно- и центральноукраинских говоров, где «чупати» — «целовать», а «не чупай» — прямой запрет. В русских говорах «чупать» встречается реже и чаще в значении «сосать», «тянуть жидкость». Если исходить из этого, прозвище могло закрепиться за ребёнком, которого одёргивали: «Не чупей!» — или за взрослым, имевшим привычку чмокать или прихлёбывать.

География фамилии сегодня — юг России, Восточная Украина, частично Беларусь. Встречается она редко: по данным открытых источников, Нечупеи живут в Ростовской области, Краснодарском крае, а также в Харьковской и Полтавской областях. В дореволюционных переписях фамилия не фиксировалась широко, что говорит о её локальном бытовании и, возможно, недавнем оформлении — не ранее XVIII века, когда прозвища начали становиться наследственными.

В ономастических словарях фамилия Нечупей не описана подробно, но её механизм образования типичен для украинских «запретительных» фамилий, которые подробно разбирал Б. Унбегаун в работе «Русские фамилии». Он относит их к группе «говорящих» фамилий, возникших из бытовых команд или восклицаний. Сравните: Непей, Непий, Нежлукто, Недайборщ. Все они — отражение живой речи, а не книжной традиции.

Таким образом, фамилия Нечупей — не про благородное происхождение или ремесло, а про бытовую деталь, случай или манеру поведения предка. Её носители — потомки человека, чьё прозвище запомнили окружающие, и это прозвище стало их родовым именем.