Фамилия Нечупий — редкий случай, когда прозвище сохранилось почти в неизменном виде, минуя стандартные фамильные суффиксы. В её основе лежит глагольная форма с отрицанием: «не чупий». В русских и украинских говорах глагол «чупить» имел несколько значений: понимать, соображать, а также наряжаться, чистить, приводить в порядок. Соответственно, «нечупий» — это человек, который либо «не догоняет», тугодум, либо, наоборот, неряха, не следящий за собой. Второе значение подтверждается диалектным словом «чупрый» — чистый, опрятный.

По способу образования фамилия Нечупий относится к так называемым «застывшим» формам повелительного наклонения или кратким прилагательным с отрицанием, как Непейвода, Незванкин или Неуймин. В украинской ономастике такие фамилии встречаются чаще, чем в великорусской, и нередко несли шутливый или ироничный оттенок. Прозвище могли дать незлобиво — ленивому или медлительному парню, которого не могли «дочупиться», то есть дозваться или достучаться до его сознания.

Суффикса в фамилии нет: она не переоформлена в притяжательную форму на -ов или -ин. Это указывает на позднюю фиксацию или на то, что прозвище закрепилось как фамилия в среде, где фамильные суффиксы были необязательны — например, у казачества или вольных крестьян южнорусских и украинских земель. Географически фамилия тяготеет к Черниговской, Полтавской и Харьковской губерниям, где подобные бессуффиксные фамилии (Круть, Вернигора, Нечуй) были нормой.

В русском языке фамилия могла писаться и как Нечупиев, если носитель переезжал в северные регионы, где требовалась «обрусевшая» форма. Однако исходный вариант Нечупий сохранился лучше, что говорит о прочной региональной традиции. Споров о происхождении практически нет: все версии сходятся к глаголу «чупить» и его диалектным значениям, а сомнительных гипотез (например, от тюркского корня) не возникает — фамилия чисто славянская, прозрачная по смыслу.