Фамилия Нечупаева — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано с конкретным бытовым действием, а не с внешностью или характером. Разберём её по частям. Основа — «нечупай» или «нечупа» — образована от глагола «чупать», который в южнорусских и украинских говорах означал «хватать», «щупать», «брать руками», а также «цеплять» или «задевать». Приставка «не-» и суффикс -ай дают повелительную форму со значением запрета: «не чупай» — «не трогай». Так могли прозвать человека, который любил всё трогать, хватать без спроса, или, наоборот, того, кто сам не давал себя трогать — обидчивого, недотрогу. Вторая версия, менее вероятная, связывает «чупать» с диалектным «чупа» — «чуб», «хохол», но тогда прозвище «Нечупа» означало бы «без чуба», что для крестьянской среды звучит натянуто.

Суффикс -ев- в окончании указывает на типичную русскую модель образования от прозвищ на -а/-я: Нечупа → Нечупаев. Женская форма Нечупаева — естественное производное, которое в документах закрепилось за женой или дочерью Нечупая. Фамилия явно недворянская: в старых родословных книгах она не встречается, а её просторечная основа и повелительное наклонение выдают происхождение из крестьянской или однодворческой среды.

Географически фамилия тяготеет к югу России — Курской, Воронежской, Ростовской областям, а также к востоку Украины. В этих краях слово «чупать» было в ходу, и прозвище «Нечупай» фиксируется в переписях XIX века. Интересно, что в некоторых говорах «чупать» означало ещё и «целовать»; тогда «не чупай» — запрет на поцелуи, и прозвище могло закрепиться за человеком строгих нравов или, напротив, за насмешливое указание на его нелюбовь к ласкам.

Среди однокоренных фамилий — Чупаев, Чупахин, Нечупай (украинский вариант без суффикса). Все они восходят к одному корню, но именно Нечупаева сохранила в себе глагольную форму как прямой приказ, что делает её особенно выразительной. В современном русском языке глагол «чупать» почти исчез, остался только в диалектах и в детской речи, поэтому для носителя фамилии её значение уже неочевидно.