Фамилия Недуруев — редкий случай, когда в основе лежит не профессия или имя, а целая характеристика человека, причём построенная на отрицании. Корень здесь — «дур», то есть глупый, неразумный, а приставка «не-» и суффикс принадлежности «-ев» складываются в формулу: «сын того, кто не дурак».

Словообразовательная модель прозрачна: прилагательное «недурной» или наречие «недурно» (в значении «неплохой», «смышлёный») дало прозвище Недуруй. Суффикс «-уй» в русских прозвищах — довольно редкий, но не уникальный (сравните: Криворуй, Шепеляй). Он придаёт основе оттенок действия или свойства: Недуруй — это «тот, кто не дурит», то есть человек рассудительный, себе на уме. Позже, по модели отчества, прозвище превратилось в фамилию: «чей?» — Недуруев.

Версия, что фамилия могла возникнуть от тюркского или финно-угорского корня, маловероятна: звучание и структура чисто русские, с характерным славянским синтаксисом отрицания. В ономастических справочниках эта фамилия не фигурирует как массовая, что говорит о её локальном происхождении — скорее всего, из северных или центральных губерний России, где прозвища с «не-» были особенно ходовыми.

Интересная деталь: в старину прозвище Недуруй могли дать не просто умному человеку, а, наоборот, с иронией — как охранительное имя. Считалось, что если назвать ребёнка «не дураком», злые духи не позарятся на него и не нашлют глупость. Так что предок Недуруевых мог быть и хитрецом, и тем, кого в шутку величали «не дураком», чтобы уберечь от настоящей глупости.