Фамилия Негаматянов — яркий пример того, как прозвище, данное по внешности или характеру, закрепилось в официальном родовом имени. В её основе лежит тюркское слово «негамат» (или «нигамат»), что в переводе с татарского, башкирского и ряда других языков означает «благодать», «милость», «благоденствие». Казалось бы, значение положительное, но в русской простонародной среде прозвище Негаматян (или Негамат) могло получить ироничный оттенок — так могли назвать человека, который постоянно жаловался на жизнь, просил поблажек или, наоборот, был излишне мягким, «благодатным» в быту.

Словообразовательная модель фамилии необычна. Окончание -янов (-янов) встречается реже, чем стандартное -ов/-ев. Оно характерно для фамилий, образованных от имён или прозвищ на -ян или -ан (ср. Айвазян → Айвазянов, или Карапетян → Карапетянов). Таким образом, Негаматянов — это русифицированная форма от тюркского или армянского имени Негамат (Нигамат), к которой добавили типичный русский суффикс принадлежности -ов. Буква «я» в суффиксе появилась из-за мягкого произношения основы: Негамат’ → Негамат’янов.

Географически фамилия тяготеет к регионам с сильным тюркским субстратом: Поволжье, Приуралье, Западная Сибирь. Встречается она и у татар, и у башкир, и у русских, чьи предки жили в смешанных сёлах. В дореволюционных метрических книгах Оренбургской и Уфимской губерний фиксируются варианты написания: Негаматьянов, Негаматянов, реже — Нигаматянов. Разнобой в первой гласной (е/и) объясняется диалектным произношением: в одних говорах начальное «и» редуцировалось в «е», в других — сохранялось.

Сословная принадлежность носителей фамилии неоднородна. Чаще всего это были государственные крестьяне или тептяри (сословие, близкое к башкирам и татарам, платившее оброк). Встречаются упоминания о Негаматяновых среди купцов и мещан городов Казанской губернии. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это говорит о её народном, неаристократическом происхождении.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Негаматянов стоит в одном ряду с Нигаматуллин («раб благодати», от арабского «нигамат» + «улла»), Нигаматов и более редким Негаматов. Разница в суффиксах показывает, как одна и та же основа адаптировалась в разных языковых средах: татарская форма — с арабским компонентом -улла, русская — с чисто славянским -ов.