Фамилия Нигаматьянов — редкий пример того, как тюркское имя, арабское по происхождению, обрастает русским патронимическим суффиксом и закрепляется в документах. Её основа — мужское имя Нигаматьян (или Нигаматян), которое в свою очередь восходит к арабскому «Нигматулла» (Ni‘matullāh) — «милость Аллаха», «благодать Божья». В татарской и башкирской среде это имя не редкость, но фамилия от него образуется не через стандартный -ов, а через суффикс -ьянов. Такая модель встречается реже: она характерна для имён, оканчивающихся на мягкий согласный или -я (ср. Абдульянов, Габдульянов). Фактически Нигаматьянов — это «сын Нигаматьяна», где -ьян — вариант тюркского притяжательного аффикса, переосмысленного в русской канцелярии как часть фамилии.

Географически фамилия тяготеет к юго-востоку Татарстана и северо-западу Башкортостана, особенно к районам с плотным татарским населением — Азнакаевскому, Бавлинскому, Туймазинскому. Встречается она и у башкир, и у татар, причём различие в этнической принадлежности почти не сказывается на написании: варианты вроде Нигаматьянов или Нигматьянов редки, а форма через «е» (Нигеметьянов) уже указывает на диалектное произношение. Интересно, что фамилия почти не встречается за пределами Волго-Уральского региона — миграция носителей была невелика, и в Москве или Петербурге её обладатели чаще всего потомки переселенцев второй половины XX века.

Сословно предки Нигаматьяновых, скорее всего, относились к государственным или ясачным крестьянам, реже — к тептярям (сословие, близкое к башкирам, но платившее оброк). Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, как и купеческих династий — это указывает на преимущественно сельское, крестьянское происхождение. В метрических книгах мулл и ахунов эта фамилия тоже почти не встречается, что косвенно подтверждает: прозвище или имя-основа было распространено в народной среде, а не среди духовенства.

В написании фамилии есть одна тонкость: в дореволюционных записях её могли фиксировать как Нигаматьяновъ, а в советских паспортах иногда путали с более частотной Нигматуллин — из-за схожести корня. Но Нигаматьянов — самостоятельная форма, и путать её с «Нигматуллин» (от Нигматулла) не стоит: суффикс -ьянов указывает на другое имя, более редкое и локальное.