Фамилия Некесов — редкая, и её разбор заставляет заглянуть в словари не только русских говоров, но и соседних языков. В основе, скорее всего, лежит прозвище или мирское имя Некес, которое может восходить к древнерусскому слову «некесь» — так в некоторых диалектах называли нечистую силу, чертёнка или недоброго духа. Имя с отрицательной коннотацией давали в качестве оберега: считалось, что злые силы не тронут того, кого уже «обозвали» нечистым. Сравните с фамилиями Неклюдов, Некрасов, Негодяев — все они из той же охранительной традиции.

Суффикс -ов указывает на стандартную русскую патронимическую модель: Некесов — сын Некеса. Форма без типичного уменьшительного суффинкса (вроде -к-, -ш-) наводит на мысль, что прозвище было прямым, без смягчения: не «Некеска» и не «Некеш», а именно Некес. Встречается и другая, менее вероятная версия: от тюркского имени Некес (вариант Некес, Некеш) — в некоторых тюркских языках это слово означало «пятнистый» или «рябой», что тоже могло стать прозвищем по внешности. Однако для европейской части России, где фамилия фиксируется в единичных записях, первая версия — с обережным именем — выглядит убедительнее.

Географически Некесовы встречаются крайне редко, в основном в центральных и северных областях России, где сохранились архаичные говоры. Сословно это, вероятнее всего, крестьянская или однодворческая фамилия: сложные прозвища с отрицательной приставкой «не-» чаще давали в среде, где не было строгих церковных канонов именования. В дворянских родах такие основы почти не встречаются.

В написании фамилия устойчива: вариантов вроде Некясов или Никесов в документах практически нет. Если встретится форма Некесов с ударением на первый слог — это, скорее всего, ошибка переписчика, так как логичнее ударение на второй слог (НекЕсов). В целом, фамилия — редкий пример того, как суеверие и диалектная лексика закрепились в официальном родовом имени.