Фамилия Некисов — редкий пример, где основа не очевидна на первый взгляд. Если отбросить типичный русский суффикс -ов (указывающий на принадлежность: «чей?» — Некисов сын), остаётся корень Некис-. И вот здесь начинается главное.

Вероятнее всего, в основе лежит краткая форма крестильного имени Никита. В народном произношении имя нередко редуцировалось: Никита → Никис → Некис. Переход «и» в «е» в безударном положении (еканье) — обычное явление для южнорусских и некоторых среднерусских говоров. Так из Никиса возник Некис, а от него — фамилия Некисов. По этой же модели образованы Некишев (от Некиш, вариант того же имени) и более редкие Некисовы.

Вторая версия, менее популярная, но имеющая право на существование, — связь с неканоническим прозвищем Некислый. В диалектах «некислый» могло означать «негодный, плохой» или, напротив, «вялый, без кислины» (о человеке спокойном). Однако стяжение «некислый» → «Некис» маловероятно: обычно прозвища такого типа сохраняли полную форму (Некислов, Некислых). Поэтому имя Никита остаётся главным претендентом.

Географически фамилия тяготеет к югу России: её фиксируют в старых ревизских сказках Воронежской, Курской и Тамбовской губерний. Именно в этих регионах еканье было особенно сильным, что подтверждает версию с именем.

Суффикс -ов указывает на патроним — фамилия закрепилась как отчество, то есть предок носителя звался Некисом. Какого он был сословия, сказать трудно: Некисовы встречались и среди крестьян, и среди однодворцев. Но в любом случае фамилия — живой след того, как русский язык перекроил церковное имя на свой лад.