Фамилия Некис — редкий случай, когда корень слова почти наверняка не славянский, а балтийский или финно-угорский. В русском языке нет слова «некис» или «некиса», которое могло бы стать прозвищем. Поэтому искать основу нужно за пределами привычных славянских корней.

Самая прямая версия связывает фамилию с литовским или латышским языками. В литовском nekęsti означает «ненавидеть, не терпеть», а nekęsnis — «нетерпимость, отвращение». Прозвище Некис могли дать человеку с тяжелым, неуживчивым характером, которого «не выносили» окружающие. В белорусском и западнорусском диалектах, где сильно литовское влияние, такое прозвище было бы понятным. Окончание -ис типично для литовских фамилий в русской передаче (ср. Буткус, Ланскис, Норкус), но в варианте Некис оно могло обрубеть, потеряв конечный гласный.

Есть и другая, менее вероятная версия — от финно-угорского корня. В карельском и вепсском nekku или nekis означает «нос, клюв, торчащий кончик». Такое прозвище могли дать человеку с длинным или острым носом. В пользу этой гипотезы говорит то, что фамилия встречается в Карелии и на севере Новгородчины, где исторически жили прибалтийско-финские народы. Однако фонетически «Некис» от «неку» (нос) выводится с натяжкой, поэтому версия с литовским корнем убедительнее.

Фамилия образована по модели без суффикса — чистый корень плюс окончание -с. В русском языке такие фамилии редки, чаще они встречаются у латышей и литовцев. Встречаемость фамилии Некис в России крайне низкая: по открытым данным, носителей не больше нескольких десятков, и живут они в основном в Псковской, Ленинградской областях и Карелии — то есть как раз в зоне контакта с балтийскими и финно-угорскими языками.

Сословной принадлежности у фамилии нет: она могла возникнуть у крестьянина, мещанина или однодворца. Никаких дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Спорных версий больше двух не существует: либо «нетерпимый» (литовский след), либо «носатый» (финский след), и первая версия надежнее, потому что опирается на точный лексический параллелизм.