Фамилия Нехамис стоит особняком в русском ономастиконе. В ней нет славянских суффиксов -ов, -ин или -ский, а её основа не похожа на привычные прозвища или крестильные имена. Это указывает на позднее происхождение и, скорее всего, на иноязычные корни. Самая вероятная версия — еврейское происхождение. Фамилия образована от мужского личного имени Нехамия (Нехемия), что в переводе с иврита означает «утешение Господне» или «утешенный Богом». В русской записи имя могло сократиться и адаптироваться до формы Нехамис, где конечное -с — типичный для ашкеназских фамилий суффикс, указывающий на принадлежность (ср. Абрамис, Янкелис).

Менее распространённая, но не исключённая гипотеза — греческое влияние. В греческом языке есть слово «нехамис» (νεχαμής), означающее «нежный» или «мягкий». Однако эта версия слабее, так как фамилия Нехамис почти не встречается в греческих диаспорах и не фиксируется в исторических документах Греции. Гораздо логичнее предположить, что носители фамилии — потомки еврейских переселенцев, которые попали на территорию Российской империи в XVIII–XIX веках, чаще всего из черты оседлости (современные Украина, Беларусь, Молдова).

Интересна географическая привязка. Фамилия Нехамис не является массовой, но её концентрация заметна в городах бывшей черты оседлости — Одессе, Кишинёве, Бердичеве. В советское время, с миграцией, носители разъехались по всей стране, но исходные точки остались прежними. Это позволяет с уверенностью говорить, что предки человека с такой фамилией, скорее всего, были ремесленниками, мелкими торговцами или служащими в местечках юго-запада империи. Дворянского происхождения у фамилии нет — она бытовая, народная.

Словообразовательная модель проста: корень Нехам- (от имени) и суффикс -ис, который в идише и иврите часто передаёт значение «сын такого-то». То есть Нехамис буквально означает «сын Нехамии» или «потомок того, кого звали Нехамия». В русском языке фамилия склоняется как существительное мужского рода на согласный: Нехамиса, Нехамису. Женский вариант не склоняется, если речь о женщине.