Фамилия Некрытых — один из ярких примеров северорусской модели образования фамилий через суффикс -ых. Такая форма характерна для фамилий, которые закрепились в родительном падеже множественного числа и отвечали на вопрос «из дома кого?»: Некрытых — из семьи Некрытых. Подобное окончание чаще всего встречается в бывших владениях Новгорода и Вятки, а также в черноземных областях, где оседали переселенцы с севера.

Основа фамилии — прозвище Некрытый. В старину так могли назвать человека по нескольким причинам. Самая прямая — «не имеющий крыши над головой», то есть бездомный или бедняк, вынужденный жить в некрытом, открытом строении. Однако в говорах у слова «крытый» был и переносный смысл: «скрытный, тайный». Соответственно, Некрытый — человек открытый, прямой, не умеющий или не желающий держать что-то в секрете. В некоторых диалектах «некрытый» означало «незащищенный», «голый», что могло относиться к бедной одежде или отсутствию хозяйства.

Версия о происхождении от названия жилища кажется более правдоподобной: прозвища по отсутствию дома или его части давали часто. Например, известны крестьянские фамилии Бездомов, Безкрышный. Некрытый в этом ряду — не редкость. Слово «крыть» в древнерусском языке имело прямое отношение к строительству, и прозвище могло закрепиться за тем, кто жил в полуразваленной избе или вовсе под открытым небом.

Однокоренные фамилии — Некрытов, Некрылов, Крытых. Все они образованы от тех же корней, но с разными суффиксами. Некрытых стоит особняком: форма на -ых указывает на то, что фамилия сложилась не в среде дворянства или духовенства, а в крестьянской или посадской среде, где такие окончания были нормой. Встречается она в основном в центральной России и Поволжье, единичные записи попадаются в переписях XVIII–XIX веков среди государственных крестьян.

Точных сведений о том, когда именно появилась фамилия, нет. Прозвище Некрытый фиксируется в документах XVI–XVII веков, но как наследственная фамилия Некрытых оформилась не раньше XVIII столетия, когда у крестьян начали массово закрепляться родовые именования.