Фамилия Нелипенко — характерный пример украинской фамилии, образованной от прозвища с помощью патронимического суффикса -енко. В украинской ономастике этот суффикс (аналог русского -ович/-евич) указывал на потомка или сына человека, носившего исходное прозвище. Географически фамилия тяготеет к центральным и восточным регионам Украины, но встречается и в южнорусских областях, куда переселялись украинские крестьяне и казаки.

Основа фамилии — Нелип — скорее всего, восходит к украинскому глаголу «не липнути» (не прилипать, не приставать). Прозвище Нелип могли дать человеку, который не привязывался к месту, часто менял жильё или работу, избегал долгих отношений. В диалектах встречается и более конкретное значение: «нелипкий» — тот, к кому ничего не держится, неудачливый или, наоборот, неуловимый. Впрочем, есть и версия, что прозвище связано с растением: «нелип» — народное название некоторых сорных трав, которые не пристают к одежде. Тогда прозвище могло указывать на профессию (огородник, сборщик трав) или на внешнюю особенность (худой, «цепкий» человек).

Менее вероятна, но возможна версия от топонима. На Украине есть несколько хуторов и урочищ с названием Нелиповка или Нелипье (от «нелипый» — нелипкий грунт или растение). В этом случае фамилия могла возникнуть как указание на выходца из такой местности: «Нелипенко» — «из Нелиповки».

Суффикс -енко делает фамилию однозначно украинской по происхождению. В России её носители — почти всегда потомки украинских переселенцев XIX–XX веков, записавших фамилию в русском написании без изменений. Сословно предки Нелипенко могли быть как крестьянами, так и казаками: в реестрах Войска Запорожского XVII–XVIII веков нередки прозвища с отрицанием «не» (Непийпиво, Недайборщ, Нелип). Фамилия не принадлежала дворянству — это простонародная, «черная» фамилия, каких тысячи на юге России и Украины.

Споров о происхождении корня нет: все исследователи сходятся на украинском глаголе «липнути» с отрицанием. Вариант с растением — лишь местное диалектное уточнение. Для человека, носящего фамилию Нелипенко, главное — знать: его предок был либо непоседой и бродягой, либо жителем деревни с нелипкой землёй.