Основой фамилии Ненилин послужило церковное имя Неонилла. Фамилия Ненилин образована от имени Ненила - производной формы крестильного женского имени Неонилла. Оно, в свою очередь, имеет греческое происхождение и в переводе означает «новая», «молодая». Покровительницей этого имени считается святая Неонилла Сирийская, жена Терентия, христианская мученица, пострадавшая в гонение императора Деция. Ее память совершается церковью 10 ноября. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Ненила, со временем получил фамилию Ненилин.