Фамилия Неонилин — редкий пример русской фамилии, образованной напрямую от женского имени. В основе лежит имя Неонила, которое пришло на Русь вместе с христианством из Византии. В переводе с греческого оно означает «молодая», «новая» (от neos — новый). Так что, если коротко, Неонилины — это потомки женщины по имени Неонила.

Такая словообразовательная модель встречается реже, чем патронимы от мужских имён. Обычно фамилии на -ин образовывали от основ, оканчивающихся на -а или -я: если глава семьи носил мужское имя, скажем, Фома, его дети становились Фомиными. Здесь же цепочка иная: имя Неонила принадлежало матери, бабушке или родоначальнице рода, и её потомков записали как «чьи?» — Неонилины. Это указывает на то, что в момент закрепления фамилии женщина играла определяющую роль в семье — возможно, была вдовой, державшей хозяйство, или уважаемой главой большого дома.

Само имя Неонила в святцах встречается, но широкого распространения в народе не получило — оно всегда оставалось довольно редким, в отличие от тех же Марий или Анн. Поэтому и фамилия Неонилин не частотна. Встречается она точечно, в основном в центральной России и Поволжье, где оседали выходцы из духовного сословия и мещанства. В среде крестьянства такие «матринимические» фамилии тоже бытовали, но чаще их давали внебрачным детям, которых записывали по матери. Впрочем, для фамилии Неонилин версия о внебрачном происхождении необязательна — имя было настолько редким, что его вполне могла носить законная жена или вдова, оставившая заметный след в памяти общины.

Суффикс -ин здесь присоединён к основе, оканчивающейся на согласный, что лингвистически безупречно. Если бы имя звучало как Неонила, притяжательная форма строится просто: Неонила — Неонилин сын, Неонилина дочь. Со временем форма притяжательного прилагательного застыла и превратилась в родовое прозвание, а затем и в официальную фамилию.

Интересно, что однокоренных фамилий от этого имени почти нет. Можно встретить разве что Неонилов — но это уже форма от мужского варианта Неонил, который в русской традиции почти не использовался. Так что Неонилин стоит особняком, и его носители могут быть уверены: их родовая история связана с конкретной женщиной, чьё имя пережило века в фамилии.