Фамилия Ненилин — редкий пример русской метронимической фамилии: её основа — не отцовское, а материнское имя. Если большинство русских фамилий отвечает на вопрос «чей сын?» и хранит имя отца (Иванов, Петров), то Ненилин указывает на предка по женской линии. Такое случалось, когда женщина играла ключевую роль в семье: вдовствовала, вела хозяйство или пользовалась особым уважением. В старину это называли «по матери прозвище».

В основе фамилии лежит имя Ненила — просторечная форма канонического имени Неонилла. Греческое слово, из которого оно пришло, означает «новая», «молодая». В православных святцах это имя связано с мученицей Неониллой Сирийской, женой Терентия, пострадавшей за веру в гонение императора Деция. Церковь поминает её 10 ноября. Имя было распространено в крестьянской и купеческой среде, а после революции, когда церковные имена вышли из моды, почти исчезло — поэтому и фамилия сегодня встречается нечасто.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Ненилин буквально значит «сын Ненилы» или «человек из рода Ненилы». По той же модели образованы многочисленные фамилии от женских имён — Марьин, Татьянин, Дарьин, но Ненилин выделяется тем, что исходное имя само по себе было уменьшительным. То есть фамилия закрепила не полную форму Неонилла, а её обиходный вариант, который звучал естественнее в деревенской речи.

Точное время возникновения фамилии назвать сложно: метронимические фамилии фиксировались в письменных источниках с XV–XVII веков, но процесс этот шёл неравномерно. В северных русских землях, где женщины нередко владели дворами и промыслами, такие фамилии встречались чаще. В переписных книгах могли записать «Ненилин сын» или «Ненилина вдова», и лишь потом это закрепилось как родовое прозвание.

Интересно, что фамилия сохранила архаичную огласовку: в современном русском языке имя чаще произносили бы как Нинила, но в фамилии удержался старый вариант с «е». Это делает Ненилиных своеобразным лингвистическим архивом — по написанию можно реконструировать, как имя звучало в говорах несколько веков назад.

Встречаются и родственные фамилии — Неонилин, Неонилов, Ненилов. Они образованы от разных форм того же имени: кто-то взял полную церковную версию, кто-то — краткую. Ненилин стоит в этом ряду особняком: это единственный вариант, где суффикс присоединён к уменьшительной форме, что подчёркивает семейный, домашний характер прозвища.