Фамилия Неофита — редчайший случай в русской ономастике. Она не образована от прозвища, ремесла или географического названия, а напрямую восходит к полной форме мужского канонического имени Неофит (от греческого neophytos — «новообращенный», «новонасажденный»). В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, которые строятся через суффиксы -ов/-ев, -ин или -ский (Неофитов, Неофитин, Неофитский), здесь мы видим архаичную модель: фамилия совпадает с самим именем в родительном или именительном падеже, без добавочных формантов. Такая конструкция типична для украинской или белорусской традиции, где фамилии нередко фиксировались как «чистое» имя или прозвище (например, Гаврила, Демид, Степан). Поэтому наиболее вероятно, что носитель фамилии Неофита имеет западнорусские или малороссийские корни.

Само имя Неофит в святцах связано с несколькими раннехристианскими мучениками, но в народном быту оно никогда не было распространённым. В XIX веке его могли дать в семье священника или монаха, реже — крестьянину, но в любом случае это указывает на книжное, церковное происхождение. Фамилия, образованная от такого имени без суффикса, — почти наверняка не случайная описка писаря, а сознательное сохранение исходной формы. Это могла быть «уличная» фамилия, закрепившаяся за одним родом, или же результат поздней паспортизации, когда человека записали просто по имени отца, как оно звучало в речи: «Иван Неофита» (то есть сын Неофита).

С точки зрения словообразования, фамилия стоит особняком. Если бы она возникла в центральной России, её бы «обрусили» суффиксом — получилось бы Неофитов. Отсутствие суффикса — маркер либо очень раннего (до XVII века) закрепления, либо, что вероятнее, региональной особенности: на землях бывшего Великого княжества Литовского и в южных губерниях Российской империи фамилии без патронимических окончаний встречались чаще. В современных справочниках фамилия Неофита практически не фиксируется — это единичный случай, и её носители, скорее всего, являются потомками одного человека, носившего редкое церковное имя.