Фамилия Неофитная — редкий случай в русском ономастиконе, и её разбор стоит начать с суффикса. Окончание -ая выдает в ней форму женского рода, типичную для фамилий, образованных от прилагательных. В мужском варианте фамилия звучала бы как Неофитный. Такая модель (с окончанием -ой/-ый/-ий в мужском и -ая в женском) характерна для южнорусских и украинских земель, а также для казачьих областей, где фамилии нередко закреплялись в виде полных прилагательных.

Основа фамилии — «неофит». Это слово греческого происхождения (neophytos — «новонасажденный»), которое в христианской традиции означает новообращенного, только что принявшего веру. В церковной среде так называли человека, недавно крещенного или вступившего в монашество. Соответственно, прозвище Неофит могли дать либо новокрещеному, либо тому, кто сменил веру, либо даже человеку, который в быту казался «новичком» в каком-то деле. Само имя Неофит встречается в святцах, но как мирское имя оно было редкостью — скорее всего, оно бытовало в среде духовенства или монашества.

Фамилия Неофитный/Неофитная, скорее всего, образована от прозвища, а не от канонического имени. В пользу этого говорит то, что фамилии на -итный (как Неофитный, Ловитный, Хранитный) в русской традиции штучные, почти единичные. Они не вписываются в массовые модели на -ов/-ев или -ин, а значит, их носители могли происходить из среды, где фамилии давали не по отцу, а по личному качеству или статусу — например, в среде казачества или однодворцев.

Географически фамилия Неофитная встречается крайне редко и локализована в основном на юге России и в Западной Сибири. В дореволюционных источниках она почти не фиксируется, что говорит о её позднем закреплении — возможно, уже в XIX веке, когда крестьянам массово присваивали фамилии по прозвищам. Встречается также вариант написания с одной «ф» — Неофитная, что может указывать на просторечное произношение.

Таким образом, предки носителей фамилии Неофитная могли быть либо потомками новообращенных христиан (например, из татар или язычников Поволжья), либо выходцами из церковной среды, где слово «неофит» было в ходу. Но самая вероятная версия — прозвище человека, который в своей общине считался «новичком»: переселенца, недавно приписанного к селу, или того, кто поздно начал заниматься каким-то ремеслом.