Фамилия Неофитный выделяется даже на фоне других русских семинарских фамилий. Её основа — греческое слово «неофитос» (νεόφυτος), что буквально значит «новонасаждённый». В раннехристианском обиходе так называли новообращённого, только что принявшего крещение, то есть «новопросвещённого». В русской церковной среде слово «неофит» закрепилось за человеком, недавно вошедшим в веру, но к XVIII–XIX векам утратило бытовой оттенок и стало восприниматься как книжное, почти торжественное.

Фамилия Неофитный — типичный продукт духовных училищ и семинарий. Там будущим священникам и церковнослужителям нередко давали фамилии, произведённые от значимых христианских понятий, имён святых или греческих слов. Суффикс -ный здесь работает как словообразовательная модель прилагательного: «Неофитный» — то есть «относящийся к неофиту», «неофитовский». Это не прозвище, а искусственное, «кабинетное» образование, призванное подчеркнуть благочестие или книжную образованность носителя.

Интересно, что фамилия могла возникнуть не только напрямую от слова «неофит». В некоторых случаях её давали выпускнику, который первым в своей семье получил систематическое духовное образование — то есть стал «новым человеком» в среде грамотного клира. Такая мотивировка встречается в исследованиях по истории семинарских фамилий: наставники любили зашифровывать биографию ученика в его новой фамилии.

С географической точки зрения Неофитные встречаются редко и преимущественно в центральных и южных губерниях Российской империи — там, где были крупные духовные семинарии (Киевская, Московская, Черниговская). В светской среде фамилия почти не прижилась: её носители — почти исключительно потомки духовенства. По сословной принадлежности это типичная фамилия «поповичей», то есть детей священно- и церковнослужителей, которые после реформ Александра II могли переходить в другие сословия, но сохраняли фамилию как маркер происхождения.

Однокоренных фамилий в русском ономастиконе мало. Можно вспомнить Неофитов — более распространённый вариант с типичным русским суффиксом -ов. Неофитный же стоит особняком: он архаичнее по форме, ближе к исходному греческому корню и несёт отпечаток именно семинарского словотворчества, где ценилась необычность и «учёность» звучания.