Фамилия Неплюев образована от мирского имени Неплюй, которое в древнерусской традиции давали ребенку до крещения. Основа имени — слово «неплюй», означавшее оленьего теленка до полугода. В XV–XVI веках такие имена были обычным делом: называя младенца Волком, Белкой или Неплюем, родители словно отдавали его под покровительство природы, надеясь, что зверь или растение воспримет ребенка как своего и поделится с ним своими качествами.

В исторических документах имя Неплюй встречается не раз. Степан Веселовский в своих исследованиях упоминает Федора Ивановича Неплюя Кобылья, жившего в начале XV века, и Ивана Кузьмича Неплюя Бровцына, записанного в 1550 году. Оба примера показывают, что имя бытовало в среде служилых людей, а фамилия, возникшая от него, закрепилась за потомками.

Суффикс -ев в фамилии указывает на притяжательную форму: Неплюев значит «сын Неплюя». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от личных имен и прозвищ, и не несет дополнительной смысловой нагрузки — она лишь связывает носителя фамилии с его далеким предком.

Интересно, что у имени Неплюй есть и другая возможная трактовка — как прозвище, данное взрослому человеку за сходство с молодым оленем, например, за быстроту или пугливость. Однако мирские имена у славян чаще получали дети, поэтому версия с обережным именем выглядит правдоподобнее. В любом случае, фамилия Неплюев сохранила память о том, что ее первый носитель жил в эпоху, когда имя могло быть не только церковным, но и вполне земным, взятым из окружающей природы.