Фамилия Непокрытов образована от прозвища Непокрытый, и это один из тех случаев, где исходное слово сохраняет почти буквальный смысл. Прозвище давали человеку, который постоянно ходил без шапки, с непокрытой головой. В русской деревне это было заметное отступление от нормы: мужчина на людях обязан был носить головной убор, а женщина тем более. Тот, кто пренебрегал этим правилом — по бедности, из упрямства или по рассеянности — получал соответствующее прозвище.

Словообразовательная модель проста и прозрачна. Основа — прилагательное «непокрытый» (от глагола «покрыть» с отрицательной частицей «не»). Типичный русский суффикс -ов присоединился к этой основе, образовав фамилию по принципу «чей?» — то есть сын Непокрытого. Таких фамилий, образованных от прилагательных с отрицанием, в русском языке немного: Некрасов, Нестеров, Невзоров. Они возникли по той же схеме, но у Непокрытова основа не утратила прямого бытового значения, как, например, у фамилии Некрасов (от «некрасивый»).

Интересная деталь: в некоторых говорах слово «непокрытый» могло иметь переносное значение — «бедный, не имеющий крова над головой» (то есть непокрытый домом). Но эта версия менее вероятна: прозвище всё-таки фиксировало внешнюю, видимую черту, а не хозяйственное положение. Человека называли Непокрытым не за то, что он беден, а за то, что он ходит без шапки — это было заметно сразу.

Фамилия редкая, встречается преимущественно в центральных областях России и в Поволжье. В дореволюционных источниках носители Непокрытовы записаны в основном как крестьяне и мещане — никакого дворянского следа у этой фамилии нет. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» она не упоминается, что тоже говорит о её локальности и нераспространённости среди известных родов.