Фамилия Непокрытых стоит в ряду так называемых «северных» фамилий, образованных по модели родительного падежа множественного числа с окончанием «-их»/«-ых». Такая форма типична для северорусских говоров и Сибири, где она указывала на принадлежность к целому роду или семье: Непокрытых — это «из дома Непокрытых», «ребёнок Непокрытого». В центральной и южной России закрепилась привычная форма на «-ов» (Непокрытов), но на севере и в Зауралье «-ых» осталось живым словообразовательным типом.

Основа фамилии — прилагательное или прозвище «Непокрытый». В прямом смысле слово означало человека без головного убора, с непокрытой головой. Однако в крестьянском быту XIX века это прозвище могло иметь переносное значение: так называли бедняка, у которого «крыша над головой» хуже, чем у других, или человека, живущего в избе без тёсаной кровли. В некоторых говорах «непокрытый» означало «неженатый» или «незамужняя» — то есть человек, ещё не вступивший в брак и потому не «покрытый» по обычаю (ср. «покрыть голову» — выйти замуж). Последняя версия выглядит правдоподобной, если учесть, что прозвища часто давали по яркой, заметной черте: холостой мужик среди семейных.

Словарь русских фамилий Б. Унбегауна и работы В. Никонова подтверждают, что суффиксальная модель «-ых» характерна для Вологодской, Архангельской, Вятской губерний и последующего переселения за Урал. Фамилия Непокрытых встречается в этих регионах и сегодня, особенно в Кировской области и Пермском крае. Однокоренные фамилии — Непокрытов, Непокрытый, Непокрытко — разошлись по разным говорам, но все восходят к одному и тому же прозвищу.

Сословная принадлежность носителей фамилии не была фиксированной: прозвище «Непокрытый» могли получить и государственный крестьянин, и ремесленник, и отставной солдат. Отдельных знатных родов с этой фамилией не зафиксировано, что неудивительно — форма на «-ых» редко встречалась в дворянской среде, где предпочитали «-ов» и «-ский». Таким образом, фамилия Непокрытых — это живая примета северорусской антропонимии, в которой прозвище, данное по бытовой или семейной черте, закрепилось как родовое имя.