Фамилия Непокрытова — женская форма, а её основа мужская — Непокрытов — образована по самой распространённой русской модели с суффиксом -ов. Это значит, что фамилию дали по отцу: предка звали Непокрытый. Такие прозвища на Руси давали не случайно, и здесь как раз тот случай, когда значение лежит на поверхности, хотя додумывать его до конца приходится.

Слово «непокрытый» в прямом смысле означает «не имеющий покрытия, не прикрытый». Но в бытовой речи XVI–XVII веков у него закрепилось переносное значение — «бедный, неимущий, не имеющий крова». Покрыть дом или хозяйственные постройки тёсом или соломой было делом затратным; человек, у которого «верх» не закрыт, воспринимался как бедняк. Вполне вероятно, что прозвище Непокрытый дали крестьянину или посадскому человеку, чья изба стояла без крыши — либо по бедности, либо из-за запущенности хозяйства. Есть и другая версия: в некоторых говорах «непокрытым» называли человека, который не носил шапку (отсюда же «непокрытая голова»). Но это объяснение слабее: прозвища по головным уборам обычно давали реже, а социальный оттенок «бедности» в слове «непокрытый» был куда устойчивее.

Фамилия редкая и географически привязана к центральным и южнорусским областям. В документах XVII века встречаются крестьяне с прозвищем Непокрытый в Рязанском и Тульском краях, что согласуется с моделью: основная масса фамилий на -ов формировалась именно в этих регионах. Стоит заметить, что фамилия сохранила архаичную форму прилагательного с приставкой не- и суффиксом -т-, что делает её ономастически ценной: большинство прозвищ такого типа (Безрукий, Кривой) не дали фамилий, либо они исчезли. Непокрытова — один из немногих примеров, когда характеристика материального положения человека закрепилась в родовом имени и дошла до наших дней.