Фамилия Неруссков — редкий случай, когда негативный префикс стал основой фамилии, а не её приставкой. В русских фамилиях приставка «не-» обычно сливается с корнем, но здесь она выглядит как часть прозвища, которое и легло в основу: Нерусский. Суффикс -ов указывает на стандартную патронимическую модель: «чей?» — Неруссков, то есть сын или потомок человека по прозвищу Нерусский.

Прозвище Нерусский в XVI–XVII веках могли дать не по национальности, а по поведению или внешности. Чаще всего так называли человека, который говорил с заметным акцентом, одевался не по-русски, перенимал иноземные обычаи или просто держался особняком. В Московской Руси это мог быть обрусевший пленный литвин, немец или татарин, а мог и коренной житель, который, по мнению соседей, «выламывался из русского обычая». Второй вероятный вариант — прозвище-оберег: чтобы отвести от ребёнка злые силы, его нарочно называли «нерусским», как бы пряча от сглаза.

Географически фамилия Неруссков встречается крайне редко, в основном на юге России — в Ростовской области и Краснодарском крае, а также в Поволжье. Это указывает на позднее формирование фамилии (не ранее середины XVIII века), когда прозвище уже не было оскорбительным, а скорее фиксировало особенность предка. В дореволюционных списках казачьих и крестьянских фамилий Неруссковы не значатся среди дворянских родов — это фамилия простых сословий, скорее всего однодворцев или государственных крестьян.

Любопытно, что фамилия пишется с двумя «с»: Неруссков, а не Нерусков. Двойное «с» — следствие того, что основа прозвища «Нерусский» дала притяжательное прилагательное с суффиксом -ов, и корневое «с» сохранилось. Если бы фамилия образовалась от слова «нерус» (гипотетически), было бы «Нерусов». Двойное написание — дополнительное доказательство, что предка звали именно Нерусским, а не как-то иначе.