Фамилия Неруский звучит как отрицание, но её происхождение, скорее всего, не связано с политическим значением «нерусский». В основе лежит древнерусское нецерковное имя или прозвище Нерус, которое давали человеку с необычной внешностью, поведением или происхождением — например, ребёнку с тёмными волосами и глазами в семье, где все были светлыми, или пришлому из других земель. Такие «отрицательные» имена (Некрас, Нелюб, Немир) были в ходу на Руси до XVII века как обереги: считалось, что имя-«недостаток» отведёт от ребёнка злых духов.

Суффикс -ск- указывает на более позднее, шляхетское или церковное происхождение фамилии. В отличие от крестьянских фамилий на -ов/-ев, модель на -ский в XVII–XIX веках была характерна для духовенства, мелкопоместного дворянства и выходцев из Западной Руси (современные Беларусь и Украина). Священники при поступлении в семинарию часто получали «благозвучные» фамилии по месту службы или от прозвищ, переделывая их на польский манер. Таким образом, Неруский мог быть образован от прозвища Нерус с добавлением форманта -ский, что буквально означает «принадлежащий Нерусу» или «из рода Нерусов».

Встречается и совсем прозаичная версия: фамилия могла возникнуть как украинская или белорусская топонимическая — от названия села или урочища Нерусь, Неруское. Такие названия давали поселениям, стоящим на границе с «немцами» (чужеземцами) или на землях, где жили не славяне. Если предок переселился оттуда, его могли записать как «Неруский» — по месту прежнего жительства.

Фамилия редкая, её нет в массовых ревизских сказках центральной России. Основные очаги — юго-западные области (Брянщина, Смоленщина, а также Беларусь). Встречается и вариант написания через двойное «с» — Нерусский, но это уже влияние поздней орфографии. Носители фамилии в XIX веке чаще всего были крестьянами или мещанами, реже — священниками, что подтверждает её народную, а не аристократическую основу.