Фамилия Нешкова образована от прозвища Нешко, которое восходит к мордовскому слову «нешке» — «пчельник, пасека». Проще говоря, основатель рода занимался пчеловодством: держал пасеку, собирал мёд, знал толк в этом ремесле. Потомки такого человека со временем закрепили за собой фамилию Нешкова по обычной для русских фамилий модели: сначала отца звали Нешко, затем его дети стали писаться Нешковы, а дочь или жена — Нешкова.

Мордовское происхождение основы — редкий случай. Большинство русских фамилий с похожим звучанием выводят от канонических имён вроде Нестор или Иннокентий, но здесь корень иной, и это сразу выделяет фамилию среди однозвучных. Суффикс «-ко» в прозвище Нешко — типичный для украинских, белорусских и южнорусских говоров, он придаёт слову ласкательный или уменьшительный оттенок. Впрочем, в мордовских языках такой формант тоже встречается, так что прозвище могло возникнуть и в среде, где русское влияние смешивалось с местными традициями.

Если придерживаться версии о пчеловодстве, то предки Нешковых были людьми хозяйственными и оседлыми. Пасека — дело неспешное, требующее постоянного присмотра за ульями, знания повадок пчёл и умения обращаться с ними. Такое прозвище могли дать не случайно: либо человек всю жизнь кормился мёдом, либо его двор стоял рядом с лесом, где он ставил борти. В любом случае, за прозвищем стоит конкретное занятие, а не случайная черта характера.

Стоит оговориться: в русской ономастике возможны и другие прочтения. В некоторых говорах «нешко» могло быть диалектным вариантом имени Нестор или уменьшительным от «Нефёд». Но эти версии слабее подкреплены, потому что мордовское «нешке» звучит точнее и имеет прямое отношение к быту, а именно бытовые прозвища чаще всего и становились основами фамилий. Если же говорить о географии, фамилия встречается в Поволжье и в регионах, где мордовское население издавна соседствовало с русским, — это косвенно подтверждает выбранную трактовку.

Фамилия сохранилась в женской форме Нешкова, которая в русской традиции закрепилась за женщинами рода, тогда как мужчины носят вариант Нешков. Такое распределение типично для восточнославянских фамилий и не меняет смысла: корень один, и он указывает на занятие предка.