Фамилия Нескин напрямую связана с именем Неска — так в старину в уменьшительной форме называли человека, носившего одно из имён с корнем «Не-». Чаще всего это были Нестор, Неас или Неаниск. Получается, что фамилия образована по простой и понятной модели: имя Неска плюс притяжательный суффикс -ин, который в русском языке указывает на принадлежность. Буквально Нескин — это «чей?» — сын, потомок или человек из рода Нески.

Имя Нестор хорошо знакомо по древнегреческой истории и православным святцам, а вот Неас и Неаниск — имена редкие, почти забытые. Если предок носил одно из них, в быту его вряд ли звали полным именем. Скорее, дома и на улице он откликался на короткое, ласковое Неска. Такая форма — не редкость для русской ономастики: от уменьшительных имён образовано множество фамилий, и Нескин стоит в одном ряду с Васькиными, Гришкиными или Петькиными.

Интересно, что суффикс -ин в этой фамилии говорит о том, что её носитель — потомок конкретного человека по мужской линии. Если бы фамилия возникла от полного имени, мы бы увидели форму вроде Нестеров, но выбор именно уменьшительной основы показывает, что предок был человеком простым, своим в кругу соседей и родни. В документах XVII–XVIII веков такие фамилии часто закреплялись за крестьянами и посадскими людьми, хотя точных сведений о сословной принадлежности конкретных Нескиных у нас нет.

Есть и менее вероятная версия, которую стоит упомянуть лишь для полноты картины: в некоторых говорах «неска» могло быть прозвищем, связанным с отрицанием «не» — например, так могли называть человека, который часто отнекивался или отказывался от работы. Но эта гипотеза выглядит слабой: имя Неска встречается в старинных записях именно как сокращение от канонических имён, поэтому версия с Нестором и его вариантами остаётся основной.

В современном написании фамилия сохраняет ударение на первом слоге — Не́скин, и это тоже отличает её от похожих на слух фамилий с суффиксом -ский. Географически фамилия встречается в центральных областях России, но массового распространения не получила, что неудивительно: редкое имя-основа и дала редкую фамилию.