Фамилия Нетфулин — яркий пример того, как сложно бывает восстановить значение фамилии, если она образована от имени или прозвища, вышедшего из обихода. В основе лежит, скорее всего, тюркское имя Нетфулла, которое представляет собой фонетический вариант арабского имени Наифулла (Наиф + Улла, где «Наиф» означает «высокий, возвышенный», а «Улла» — «Аллах»). В просторечии имя могло потерять начальный гласный и перейти в форму Нетфулла. Русский суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «сын Нетфуллы», то есть потомок человека с таким именем.

Вторая версия, менее вероятная, но не исключённая, — связь с диалектным глаголом «нетфулить» (в ряде южнорусских говоров так могли говорить о том, кто делает что-то небрежно, «нетфульно»). Однако в таком случае фамилия имела бы суффикс -ин от прозвища Нетфуля (как, например, Нетрусов — от Нетрус), а не от полного имени Нетфулла. Поскольку форма «Нетфулин» явно образована от полного антропонима (с конечным -а), версия с арабским именем выглядит гораздо убедительнее.

Географически фамилия встречается преимущественно в Поволжье и на Урале — регионах, где исторически сильны татарские и башкирские корни. Носители фамилии Нетфулин, скорее всего, потомки крещёных татар или мишарей, принявших православие, но сохранивших в фамилии исходное мусульманское имя предка. В метрических книгах XIX века можно найти записи о крестьянах Нетфулиных из Казанской и Уфимской губерний.

Словообразовательная модель проста: тюркское имя Нетфулла (с усечением конечного гласного) + русский патронимический суффикс -ин. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Нетфу́лин. Встречается также вариант написания с двумя «л» — Нетфуллин, что ближе к исходному арабскому написанию (Наифулла), но это редкая форма. Фамилия Нетфулин — не массовая, её носителей насчитывается, по разным оценкам, от нескольких сотен до полутора тысяч человек в России.