Фамилия Натфуллин — яркий пример того, как русский суффикс «прирастает» к татарскому или башкирскому имени. Её основа — арабское мужское имя Натфулла (варианты: Натфуллах, Натфула). В переводе с арабского оно означает «капля Аллаха» или «милость Аллаха, подобная капле». Имя это составное: «натф» (капля, частица) и «Аллах» (Бог). В мусульманской традиции такие имена подчёркивают, что человек — дар или малое проявление божественной благодати.

Фамилию образовали по русской модели: к основе Натфулл- добавили патронимический суффикс -ин, который указывает на принадлежность к отцу. То есть Натфуллин буквально означает «сын Натфуллы». Типичная картина для Поволжья и Приуралья: татары, башкиры и другие тюркские народы, входя в состав Российской империи, получали фамилии, прибавляя к своему родовому имени -ов или -ин. Выбор суффикса -ин, а не -ов, здесь случаен и зависит от местной канцелярской традиции или от того, как звучало имя в обиходе.

Географически фамилия Натфуллин чаще всего встречается в Татарстане, Башкортостане, а также в Оренбургской и Челябинской областях — регионах, где исторически были сильны татарские и башкирские общины. Встречаются и варианты написания: Натфулаев или Натфуллин с одной «л» (Натфулин), но форма с двойной «л» — основная и наиболее точная, поскольку сохраняет структуру исходного имени.

Стоит различать фамилию с похожей, но иной основой — Натфуллин и Нуруллин. Вторая восходит к имени Нурулла («свет Аллаха»). Хотя оба корня арабские и оба оканчиваются на «улла», они не родственны этимологически. Натфуллин — редкая фамилия даже среди татар, её носители — это, скорее всего, потомки одного рода или нескольких семей из одной местности.