Фамилия Нецеля редкая и её происхождение не очевидно. Скорее всего, она восходит к прозвищу, которое дали человеку с необычной, «нецелой» внешностью или судьбой — например, калеке, человеку с физическим недостатком или тому, кого считали «нецельным», неполноценным. В русских говорах слово «нецелый» могло означать «нездоровый», «увечный» или «неполный». Прозвища такого типа были нередки: они фиксировали бросающуюся в глаза особенность и не несли обязательной оскорбительности — скорее служили практическим опознавательным знаком.

Модель образования фамилии нестандартна. Типичные русские фамилии на -а (Нецеля) — это, как правило, украинизированные или белорусские формы, либо застывшая форма прозвища в именительном падеже. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые означали «сын такого-то», фамилия Нецеля могла закрепиться в виде прямого прозвища без добавления патронимического суффикса. Такое характерно для юго-западных русских земель (Брянщина, Смоленщина) и для Беларуси.

Вторая версия, менее вероятная, связывает фамилию с польским или западнославянским корнем. Слово «niecel» (польск. «нецель») могло означать «промах», «непопадание в цель». В таком случае прозвище могли дать неудачливому охотнику или стрелку. Однако фонетически и семантически версия с «нецелым» человеком выглядит более естественной для русской почвы.

Фамилия не имеет отношения к дворянским родам и не упоминается в известных родословных книгах. Её носители, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками, а прозвище закрепилось за одним из предков в XVI–XVII веках. Географически фамилия встречается точечно, преимущественно в центральных и западных областях России, а также в Беларуси.