Фамилия Нежельскый — редкий случай, когда написание через «ы» («Нежельскый» вместо привычного «Нежельский») не опечатка, а указание на западнорусское или польское происхождение. В польской орфографии окончание -ski передаётся как -ski, но в старой русской традиции, особенно на землях бывшей Речи Посполитой, фамилии на -ский нередко записывали через «ы» — так подчёркивали твёрдость произношения. Поэтому Нежельскый — это та же фамилия, что и Нежельский, но сохранившая архаичное написание.

Основа фамилии — корень «неж-». Самая прямая версия: от прозвища Нежель, образованного от глагола «нежить» — баловать, холить, ласкать. В старину «нежень» или «нежеля» могли назвать изнеженного, избалованного ребёнка, любимчика в семье. Прозвище давали не в укор, а как домашнее, ласковое имя. Позже оно закрепилось за потомками.

Суффикс -ск- указывает на географическую или владельческую модель образования: такие фамилии в XV–XVII веках чаще всего получали дворяне и шляхта по названию своего поместья. Возможно, существовало селение Нежели или Нежель, от которого и пошла фамилия. Однако документальных подтверждений такому топониму в известных источниках нет — значит, версия с прозвищем надёжнее.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Нежин, Нежнов, Нежевенко) показывает, что корень «неж-» встречается в разных славянских говорах, но именно форма с суффиксом -ск- — шляхетская по происхождению. Носители фамилии Нежельскый могли быть мелкопоместной шляхтой на территории современной Беларуси, Украины или восточной Польши. В Российской империи после разделов Польши такие фамилии нередко попадали в однодворцы или мещан.

Сегодня фамилия встречается крайне редко, что делает её ценным маркером для генеалогического поиска: почти все Нежельскые, вероятно, потомки одного рода. Вариант с «ы» на конце — не ошибка, а историческое свидетельство: так писали в метрических книгах XIX века, когда фамилию ещё не привели к единому стандарту.