Фамилия Нежеря — редкий пример, где прозвище стало фамилией почти без изменений, без суффиксов -ов или -ин. Это так называемая «окаменевшая» форма, характерная для украинских, белорусских и южнорусских фамилий. Основа — «нежеря», то есть «не жрущий» или «не обжора». В старых говорах «жерть» означало «жрать, есть жадно», а «жеря» — прожорливый человек. Нежеря, соответственно, человек, который ест мало, неприхотлив в еде, возможно, постник или просто худой, не склонный к чревоугодию.

Версия, что фамилия происходит от слова «нежить» (нечистая сила), маловероятна: фонетически переход «жить» в «жеря» необъясним, а для прозвищ, связанных с нечистью, в русской традиции использовались другие корни (например, «черт», «бес»). Прозвище Нежеря могли дать и в насмешку — человеку с отменным аппетитом, по принципу антифразиса (назвать худого Толстым, а обжору — Нежеря). Но более естественно считать, что прозвище отражало реальную черту: сдержанность в еде или бедность, когда есть было нечего.

Географически фамилия тяготеет к юго-западу России и востоку Украины, встречается в Курской, Белгородской, Воронежской областях. Там же бытует однокоренная фамилия Жеря (от «жеря» — обжора). Нежеря — её антонимическая пара, что типично для народной ономастики: парами давали прозвища и членам одной семьи, чтобы различать их по характеру или внешности.

Суффикс -я в основе (Нежер-я) — типичный для украинских и белорусских прозвищ, обозначающих лицо по действию или качеству: Гуля, Сидя, Бродя. В русской традиции такие формы часто «русифицировали», добавляя -ов, но Нежеря сохранилась в исходном виде. Это указывает на то, что фамилия могла закрепиться в среде казачества или однодворцев, где прозвища передавались по наследству без изменений дольше, чем у крепостных крестьян.

В документах XIX века фамилия встречается в исповедных ведомостях и ревизских сказках Слободской Украины. Носители — в основном государственные крестьяне и мещане. Среди дворянства фамилия не отмечена, что подтверждает её простонародное, прозвищное происхождение. Сегодня Нежеря — фамилия редкая, но не исчезающая: её носят несколько сотен человек в России и на Украине, в основном в сельской местности.