Фамилия Нифагин — один из тех случаев, когда внешняя простота скрывает неочевидную этимологию. На слух она кажется образованной от имени или прозвища Нифага, но в русском именослове такого имени нет. Поэтому первое, что приходит в голову, — это искажение или народная переработка канонического имени.

Скорее всего, в основе лежит крестильное имя Иоанн (в бытовой русской традиции — Иван). Его уменьшительные формы чрезвычайно разнообразны: от Иванюхи до Нифана. Форма Нифан (или Нифаний) встречается в северных говорах и в старых переписных книгах. От неё через суффикс -аг- (как в «Иванага» или «Фомага») могли образовать прозвище Нифага — так на Русском Севере и в Поволжье нередко «наращивали» звуки, чтобы получить экспрессивную форму. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «сын Нифаги» или «человек из семьи Нифагиных».

Есть и вторая версия, более редкая. В некоторых говорах слово «нифага» могло быть прозвищным именем, образованным от глагола «нифать» — «нюхать», «обонять». В этом случае Нифагой называли человека с острым чутьём, либо, наоборот, того, кто постоянно принюхивается. Однако эта версия менее надёжна: глагол «нифать» — диалектный, почти не зафиксированный в письменных источниках, и прозвищная модель от него нехарактерна.

Географически фамилия Нифагин тяготеет к северным и центральным областям России — Вологодчине, Костромской, Нижегородской губерниям. Это косвенно подтверждает версию с местной переделкой имени Иван, так как именно на Севере любили «растягивать» имена суффиксами и менять начальные согласные (ср. фамилии Нифанов, Нифантьев, Нифёдов).

Итог простой: Нифагин — это не про «ни фига», а про Ивана, который через цепочку диалектных изменений превратился в Нифагу. Фамилия редкая, но её разбор показывает, как далеко может уйти народная этимология от исходного церковного имени.