Фамилия Нифакина — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Если отбросить вариант случайного искажения при переписи, то её основа, скорее всего, восходит к греческому имени Никифор (Νικηφόρος), что значит «несущий победу». В русском просторечии это имя сокращали до Нифан, Ниф, а от уменьшительной формы Нифака как раз и пошла фамилия Нифакин, а для женщин — Нифакина. Модель образования типична для восточнославянских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность «чей?» — сын или дочь Нифаки.

Словообразовательная цепочка здесь короче, чем кажется. Не путайте с «нифакой» как прозвищем — такого слова в диалектных словарях не зафиксировано. Вероятнее, что это именно патроним (фамилия по отцу) от канонического имени, которое в XIX веке уже вышло из активного употребления, но оставило след в фамилиях. Встречаются однокоренные варианты: Нифакин, Нифаков, Нифанов — все они восходят к одному корню.

Географически фамилия Нифакина тяготеет к центральным и южным регионам России, особенно к Курской и Белгородской областям. Эта привязка не случайна: в этих краях было сильно влияние греческой церковной традиции, имена вроде Никифор давали чаще, чем на севере. Если ваши предки носили эту фамилию, они могли быть крестьянами или мещанами — сословный состав носителей типичен для патронимических фамилий, не попавших в дворянские родословные книги.

В написании фамилии возможна путаница: ударение может падать как на второй слог (Нифа́кина), так и на третий (Нифаки́на). Второй вариант ближе к исходному греческому имени, но в быту часто смещают ударение под влиянием говоров. Спорных версий немного, и все они сводятся к одному: либо это редкое прозвище от несохранившегося диалектного слова, либо — что правдоподобнее — фамилия от имени Никифор через форму Нифака.