Фамилия Нифакин — редкий пример, где основа отчётливо указывает на имя, но само имя почти исчезло из обихода. В основе лежит каноническое имя Митрофан, которое в бытовой русской речи сократили до Нифан. Такое усечение (отпадение первого слога «Мит-») — не единичный случай: так же появились, например, фамилии Нифатов, Нифанов и просто Нифановы. От формы Нифан образовали притяжательное прилагательное с суффиксом -ин: Нифакин буквально значило «сын Нифана».

Суффикс -ин в русских фамилиях указывает на принадлежность к конкретному человеку, а не на место или профессию. Поэтому Нифакины — это потомки человека по имени Нифан, а не, скажем, жители какого-то села. Само имя Митрофан греческого происхождения («явленный матерью»), но в народном сознании оно давно утратило связь с первоисточником и воспринималось как простое, крестьянское. В XVI–XVII веках это имя было очень распространено, а к XIX веку стало считаться простонародным.

Интересная деталь: фамилия Нифакин почти не встречается за пределами центральных и поволжских областей России. По данным переписей, основные очаги — Нижегородская, Костромская и Вятская губернии, где имя Митрофан держалось дольше всего. В других регионах чаще фиксировались формы Нифанов или Нифантьев, а Нифакин остался локальным вариантом.

Версия о связи с диалектным словом «нифак» (якобы «задира» или «неуклюжий человек») — искусственная. Ни в одном серьёзном словаре русских говоров такого слова нет, а звуковое совпадение с фамилией случайно. Куда правдоподобнее, что все Нифакины происходят от одного корня — имени Митрофан, сокращённого в народе до Нифан.