Фамилия Нифашев — редкий случай, когда основа, скорее всего, не славянская, а тюркская или арабо-тюркская. Суффикс -ев указывает на русскую модель образования (принадлежность, «чей?»), а корень Нифаш- выбивается из привычного ряда славянских имен и прозвищ. Если бы фамилия была русской по происхождению, мы бы ожидали основу вроде Нифонт (каноническое имя) или Нифа (возможно, от диалектного глагола). Но здесь иная картина.

Вероятнее всего, в основе лежит мужское имя Нифаш — вариант или производное от арабского имени Нифа (Нифат), которое означает «польза», «выгода», «благо». В тюркских языках, особенно у татар и башкир, такие имена с конечным -ш нередки: они образуются по модели сокращения или ласкательной формы. Имя Нифаш могло попасть в русскую среду через межэтнические контакты в Поволжье, Приуралье или на юге России, где татары, мишари и башкиры жили бок о бок с русскими.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркским словом «нифас» (послеродовой период) или арабским «нафас» (дыхание, дух). Однако такие основы редко становятся личными именами, а значит, и фамилиями. Поэтому версия с именем Нифаш выглядит убедительнее.

Географически фамилия Нифашев тяготеет к регионам с сильным татарским и башкирским влиянием: Оренбургская, Самарская, Челябинская области, Татарстан, Башкортостан. Встречается она крайне редко — носителей по всей России, скорее всего, не больше нескольких сотен человек. Это не фамилия дворянского сословия или духовенства: суффикс -ев и тюркская основа указывают на крестьянское или мещанское происхождение, часто — на бывших государственных или помещичьих крестьян, получивших фамилию по имени отца.

Таким образом, Нифашев — это «сын Нифаша», где Нифаш, вероятно, мусульманское имя с корнем «польза». Фамилия сохранила память о межкультурном контакте, который был обычен для юго-восточной окраины России.