Фамилия Нифадьев — редкий пример, когда основа, на первый взгляд, не даёт однозначной подсказки. В ней слышится что-то восточное или греческое, но на деле всё проще и интереснее. Это отчество, образованное от мужского имени Нифадий (в просторечии — Нифад) с помощью стандартного русского суффикса -ев, указывающего на принадлежность: «сын Нифадия». Само же имя Нифадий — это народная, упрощённая форма канонического церковного имени Мефодий. В русских говорах начальное «Ме-» нередко отпадало или редуцировалось, а «ф» могло заменять «θ» (фиту) в заимствованных словах. Так Мефодий превращался в Нефёда, Нефода, а в некоторых диалектах — и в Нифада. Получается, что Нифадьев по происхождению — то же самое, что и более распространённые Нефёдов или Мефодьев.

Имя Мефодий (от греческого «методос» — следование, метод) носил один из создателей славянской азбуки, святой равноапостольный Кирилл (в миру Константин, а Мефодий — его монашеское имя). Однако в крестьянской и купеческой среде имя давали не в память о просветителе, а по святцам, и звучало оно в быту по-разному. Форма Нифад закрепилась, скорее всего, в южнорусских или среднерусских областях, где «аканье» и редукция гласных были сильны. Фамилия Нифадьев невелика по числу носителей, но она — живой свидетель того, как книжное греческое имя обрастало местными вариантами и давало начало новым родам.

С точки зрения словообразования тут всё прозрачно: основа Нифад- плюс патронимический суффикс -ев (после мягкого «д»). Ударение, скорее всего, падает на второй слог — Нифа́дьев, хотя в некоторых семьях могло сместиться на первый под влиянием диалекта. Встречаются и варианты написания через «е» — Нифедев, но это уже следы путаницы между исходным Мефодий и его производными. Социальный состав носителей в XIX веке, судя по разрозненным записям, был преимущественно крестьянским и мещанским — никаких дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Таким образом, Нифадьев — это не экзотическое заимствование, а коренная русская фамилия, спрятавшая за необычным обликом имя одного из главных славянских просветителей.