Фамилия Нифталийева — редкий случай, когда фамильный суффикс почти кричит о происхождении, а корень ставит в тупик. Суффикс -ев с ударением на нём (Нифтали́ева) указывает на то, что перед нами русифицированная фамилия, образованная от восточного имени через притяжательное прилагательное: «чей?» — Нифталиев, то есть потомок человека по имени Нифталий. Женский вариант на -а — стандартная форма для замужней или дочери в русской традиции.

Самое интересное — основа «Нифталий». Скорее всего, это искажённое или диалектное произношение библейского имени Неффалим (Нафтали). В русской традиции это имя встречалось редко, в основном у старообрядцев или в среде, где Библию читали по-церковнославянски. Неффалим — один из двенадцати сыновей Иакова, родоначальник колена Израилева. Имя переводится как «борьба» или «моя борьба». Но в быту такое имя могли дать не только по святцам, но и как редкое, «книжное» — в знак учёности или набожности семьи.

Возможна и другая версия, связанная с тюркскими языками. У народов Кавказа и Закавказья, особенно у лезгин и азербайджанцев, встречается имя Нифтали (Нифталы) — от арабского «нафт» (нефть, керосин) или персидского «нафт» (смола). В таком случае имя могло быть прозвищем человека, связанного с добычей или торговлей нефтью, либо давалось как оберег — «чёрный, как нефть» (чтобы не сглазили). Фамилия Нифталийева тогда — это русифицированная форма азербайджанской или дагестанской фамилии Нифталиев, где «-ий» — это вставной русский элемент, смягчивший твёрдое окончание.

Для этимолога фамилия интересна тем, что она стоит на стыке двух культур: семитской (библейской) и тюркской. Определить, какая версия верна, можно по региону. Если предки были из центральной России или из старообрядческих общин — скорее библейская. Если корни ведут в Дагестан или Азербайджан — тюркская. В любом случае, фамилия не крестьянская и не дворянская, а скорее мещанская или купеческая: редкое имя давали не в каждой семье, и оно выдавало либо начитанность, либо связь с восточными промыслами.