Фамилия Нифталыев — редкий случай, когда исходное имя почти не изменилось при переходе в фамилию. В её основе лежит азербайджанское мужское имя Нифталы, которое состоит из двух частей: «нефть» (в тюркских языках — nift, neft) и «Али» (имя халифа Али, зятя пророка Мухаммеда). Буквально имя Нифталы можно перевести как «нефть Али» или «нефтяной Али». Такие имена-композиты с упоминанием нефти — редкость: они возникли в регионах, где нефть была не просто природным ресурсом, а частью быта и культа (Апшеронский полуостров, Баку, районы с выходами нефти на поверхность).

Фамилия образована по стандартной восточнославянской модели: к тюркскому имени добавили русский патронимический суффикс -ев (вариант -ов после мягкого согласного). То есть Нифталыев — это «сын Нифталы». Такая модель закрепилась в XIX–XX веках у народов Закавказья и Северного Кавказа, которые входили в состав Российской империи: при переписях и выдаче паспортов тюркские имена часто русифицировали именно так.

Географически фамилия почти наверняка привязана к Азербайджану, особенно к Баку и его окрестностям — старым нефтяным промыслам. В России и других постсоветских странах она встречается единично, в основном у потомков выходцев из Азербайджана.

Интересно, что в отличие от многих фамилий с корнем «нефть» (Нефёдов, Нефедьев), которые восходят к греческому имени Мефодий, Нифталыев — редкий пример прямого, без посредников, использования тюркского слова «нефть» в личном имени. Это делает фамилию не просто указанием на родство, а отражением целого пласта истории: нефтяного бума на Каспии, смешения тюркской и мусульманской традиций и последующей русификации имён при советской паспортизации.