Фамилия Нифталиева — это редкий случай, когда географический и этнический след в основе перевешивает стандартную словообразовательную модель. Анализируем её сразу с корня: он восходит к арабскому имени Нафтали (араб. نفتالي), которое, в свою очередь, пришло из древнееврейского Нафтали. В библейской традиции Нафтали — один из сыновей Иакова, родоначальник колена Израилева. Имя означает «борющийся», «моя борьба» или, по другой версии, «хитросплетение» (от корня со значением «плести»).

В русском языке фамилия появилась через посредничество тюркских языков, где имя Нафтали (в формах Нифтали, Нуфтали) бытовало у народов, исповедующих ислам, в первую очередь у азербайджанцев, лезгин, татов и горских евреев. Суффикс -ев (а не -ов) указывает на основу, оканчивающуюся на мягкий или шипящий согласный (Нифтали-й). Модель образования стандартна для русских фамилий: от отчества «чей?» — сын Нифтали. Женская форма Нифталиева образована по тому же принципу, что и у подавляющего большинства русских фамилий, и не несёт дополнительного смысла.

Главная особенность фамилии — её «пограничное» положение между разными культурными мирами. Она могла возникнуть в среде горских евреев Кавказа (у них имя Нафтали — одно из традиционных, а фамилии часто образовывались от имени отца с русским суффиксом). Но не менее вероятно, что носителем фамилии стал азербайджанец или лезгин, чей предок носил имя Нифтали. В русском документообороте XIX–XX веков такие фамилии фиксировались в Закавказье и Дагестане. Спор о том, к какой именно этнической группе отнести корень, решается просто: для этимологии это неважно, так как имя одно, а фамилия — результат русского делопроизводства, наложенного на местную именную традицию.

Фамилия не имеет отношения ни к нефти (араб. нафт), ни к тюркскому слову «нифта» (редкая болезнь) — это случайные созвучия. Встречается она крайне редко, почти не выходит за пределы регионов первоначального бытования.