Фамилия Никаев — один из тех случаев, где на первый взгляд прозрачная основа обманчива. Если не копать глубже, можно решить, что корень «Ника» — это просто имя Ника, сокращённое от Вероники или Никанора. Но фамилия образована не от женского имени, а от мужского тюркского имени Никай (или Ныкай). В этом ключ: ареал фамилии Никаев — в основном Поволжье и Приуралье, среди татар, башкир и чувашей, где имя Никай было распространено. Значение этого имени восходит к тюркскому «нык» — крепкий, прочный, здоровый. То есть Никаев в исходном смысле — «сын крепкого», потомок человека по прозвищу или имени Крепыш.

Суффикс «-ев» в данном случае — не русский патронимический, а адаптированный под русскую грамматику тюркский аффикс принадлежности. В тюркских языках фамилии образуются через окончания «-ов», «-ев», «-ин» по аналогии с русскими, и Никаев — типичный пример такой русификации. В исконной записи, например, по-татарски фамилия могла бы выглядеть как «Никай улы» (сын Никая), но в документах она закрепилась в форме Никаев.

В русском контексте фамилия могла возникнуть и из крестильного имени Ника (церковная форма от Никандр или Никита), но тогда ожидалась бы фамилия Никин или Ников. Вариант с «-аев» указывает на то, что основа оканчивалась на «-ай», что характерно именно для тюркских имён. Поэтому версия с тюркским происхождением надёжнее, хотя не исключены единичные случаи русификации имени Ника с заменой суффикса.

Встречаемость фамилии невысокая, она не входит в число распространённых. Встретить её можно в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской области. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках Никаевы часто записаны как государственные крестьяне или тептяри (сословие, близкое к башкирам). Сословная принадлежность — в основном крестьянская, без дворянских ветвей.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Никанов, Никашин, Никаткин — показывает, что все они образованы от одной основы, но с разными суффиксами. Никаев — самый архаичный по модели, так как сохранил конечный «-ай» в основе, что редкость для русских фамилий, но норма для тюркских.