Фамилия Никейцев образована от народной формы крестильного имени Аникей — Никеец. Само имя Аникей — это адаптированная к русскому произношению форма церковного имени Иоанникий, которое, в свою очередь, восходит к имени Иоанн (в переводе с древнееврейского — «милость Божья»). По другой версии, в основе лежит греческое слово «никэ» — «победа», что делает имя Иоанникий родственным слову «Ника» — так звали богиню победы.

Крестильные имена, приходя на Русь вместе с христианством, сильно меняли свой облик, подстраиваясь под особенности местного словообразования. Так, на украинской почве имя Иоанникий превратилось в Оникий, а в русской традиции закрепилось как Аникей. От этого Аникея в народе и возникла форма Никеец — возможно, под влиянием греческого корня, который ощущался как более значимый. Уже от прозвища Никеец, то есть человека, носившего имя Аникей, и пошла фамилия Никейцев: потомки такого человека со временем стали писаться как Никейцевы.

Суффикс -ев в фамилии указывает на принадлежность: Никейцев буквально значит «сын Никейца». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от личных имён и прозвищ. Сама фамилия довольно редкая и не имеет широкой географии, что неудивительно: исходное имя Аникей в XIX веке уже выходило из употребления, а форма Никеец и вовсе была локальной.

Покровителями имени Иоанникий считаются несколько святых: преподобный Иоанникий Девиченский, мученик Иоанникий, святитель Иоанникий, патриарх Сербский, и преподобномученик Иоанникий Зографский. В народной среде эти церковные образы подкрепляли уважение к имени, хотя бытовое его употребление всё равно тяготело к упрощённым формам вроде Аникея.

Известных носителей фамилии Никейцев в истории не зафиксировано — это фамилия не дворянская и не разночинская, а скорее крестьянская или мещанская, каких тысячи по России. Её ценность не в громких именах, а в том, что она сохранила редкий след живого народного словообразования: от греческого «победа» через церковное имя — к простому русскому прозвищу и далее к фамилии.