Фамилия Никейцева — редкая и в своей основе книжная. Её мужской вариант — Никейцев. Сразу бросается в глаза корень «Никей-», который отсылает к греческому слову «никэ» — победа. Однако в русских фамилиях этот корень почти всегда связан не с абстрактным понятием, а с конкретным именем или географическим названием.

Самая вероятная версия: фамилия образована от имени Никей (разговорная форма канонического Никита). В старину Никиту часто называли Никей или Микей — это обычное для русской народной традиции сокращение. Тогда Никейцев — это «сын Никея», то есть потомок человека по имени Никей (Никита). Суффикс -ев указывает на принадлежность: чей? — Никеев, а затем с добавлением -ц- получилась форма Никейцев. Такая модель встречается редко: суффикс -ев-ц-ев характерен скорее для фамилий, образованных от прозвищ с суффиксом -ец (например, Кузнецов — от Кузнец, но здесь иначе).

Вторая версия, менее вероятная, но не исключённая: связь с городом Никея (древняя столица Вифинии, ныне Изник в Турции). В этом случае Никейцев мог означать выходца из Никеи или человека, имевшего прозвище Никеец — «тот, кто бывал в Никее, торговал с ней». Однако такие прозвища обычно давали купцам или паломникам, а в русских землях Никея была известна в основном по церковным текстам (Первый Никейский собор). Поэтому версия с именем Никита выглядит убедительнее.

Фамилия Никейцева — недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская. В дореволюционных справочниках она почти не встречается, что говорит о её локальном бытовании. Возможно, она возникла в одном из центральных регионов России, где имя Никита было особенно популярно, а затем закрепилась в форме с редким суффиксом -цев. Интересно, что однокоренные фамилии Никеев, Никитин встречаются гораздо чаще, а Никейцев выделяется именно своей нестандартной словообразовательной цепочкой.