Фамилия Нихоношин — редкий пример, когда географическое происхождение почти не вызывает споров, а вот семантика корня ставит в тупик. В основе лежит не славянское имя или прозвище, а топоним, причём не русский. Словообразовательная модель указывает на суффикс -ин, который в русских фамилиях обычно присоединяется к основам на -а/-я и означает принадлежность: «чей?» — Нихоношин, то есть сын или потомок Нихоноши. Но самого имени Нихоноша не существует.

Ключ к разгадке — в суффиксе -ошин. Это фонетический вариант более распространённого -ошкин, характерного для северных и сибирских говоров. В таких говорах «Нихоноша» — это переделанное на русский лад японское имя Никоносукэ или Никоно, которое мог носить выходец из Японии. В XVII–XIX веках на Дальнем Востоке и в Сибири оседали японские рыбаки, потерпевшие кораблекрушение, пленные или купцы. Их русские имена часто искажались до неузнаваемости: Никоносукэ превращался в Нихона, затем в Нихоношу. Фамилия Нихоношин, таким образом, буквально означает «потомок того самого Никоносукэ» или, шире, «человек из рода японца».

Вторая версия, менее правдоподобная, но упоминаемая в любительских словарях, связывает фамилию с диалектным глаголом «нихонить» — шалить, проказничать. Однако этот глагол почти не зафиксирован в письменных источниках, а в ядре фамилии стоит явно иноязычное «нихо-», а не славянское «нихо-» с приставкой ни-. Поэтому версия с японским следом выглядит убедительнее.

География фамилии подтверждает эту догадку. Подавляющее большинство Нихоношиных живёт в Приморском крае, Хабаровском крае и Амурской области. В центральной России фамилия практически не встречается. Это типичная «дальневосточная» фамилия, возникшая в зоне контакта русских и японцев. По сословному происхождению Нихоношины, скорее всего, были крестьянами или казаками, воспринявшими фамилию от своего предка-инородца.

Необычность фамилии в том, что она сохранила редкий суффикс -ошин, который в других случаях (например, в фамилии Мамошин) указывает на прозвище от «мамоша» — маменькин сынок. Но в случае с Нихоношиным этот суффикс прирос к японскому корню, создав уникальный гибрид: русское окончание принадлежности на японском основании.