Фамилия Нихоношина — редкий случай, когда географический корень спорит с антропонимическим, и однозначного ответа нет. Скорее всего, в её основе лежит японский топоним или имя, что для русских фамилий нетипично, но объяснимо.

Первый и самый вероятный вариант: фамилия происходит от названия японского города Ниигата (в старой транскрипции — Нигота или Нихон) или от слова «Нихон» (日本) — самоназвания Японии. В русской среде такое прозвище мог получить человек, имевший отношение к Японии: купец, торговавший с Востоком, моряк, побывавший в тех краях, или миссионер. Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: «сын того, кого звали Нихоноша» или «из семьи Нихоношиных». Форма «Нихоноша» — это русифицированное японское имя или прозвище, где конечное «-а» адаптировало слово под славянскую грамматику.

Вторая, менее правдоподобная версия — искусственное происхождение. В XIX — начале XX века у старообрядцев и некоторых сектантов (например, у молокан или духоборов) встречались фамилии, образованные от экзотических слов или библеизмов. «Нихоноша» могло быть переосмыслением какого-то местного диалектного слова или просто красивым звучанием, но документальных подтверждений этому нет.

География фамилии узкая. Нихоношины встречаются в основном на Урале и в Сибири, особенно в Свердловской области и Красноярском крае. Это косвенно подтверждает «восточную» версию: предки могли оказаться там в ходе освоения Дальнего Востока или после русско-японских войн, когда в Россию попадали японские военнопленные и переселенцы. В центральных регионах России фамилия почти не встречается.

Словообразовательная модель проста: основа «Нихонош-» + суффикс «-ин», типичный для русских фамилий от существительных мужского рода на -а (ср. Фокина, Гаврилина). Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Нихо́ношина. В мужском варианте — Нихоношин.

Таким образом, Нихоношина — фамилия-загадка, ключ к которой лежит не в славянских корнях, а в исторических контактах России с Японией. Если ваши предки были связаны с морем или торговлей, версия с «японским следом» становится основной.