Основой фамилии Никлюшин послужило мирское имя Неклюд. Фамилия Никлюшин происходит от нецерковного имени Неклюд (Нехлюд), которое было образовано от нарицательного «неклюжий» - «неуклюжий, нескладный». Возможно, первоначально это имя выполняло функцию оберега. В данном случае, надеясь иметь красивого и здорового мальчика, родители назвали его Неклюд. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Неклюд, со временем получил фамилию Никлюшин.