Фамилия Ниленко звучит как типичная украинская фамилия, и это первое, что бросается в глаза. Суффикс -енко — один из самых распространённых в украинской ономастике, он указывал на происхождение по отцу: буквально «маленький», «сын» или «потомок» такого-то человека. То есть Ниленко — это «сын Нила» или «потомок Нила».

Однако с основой не всё так однозначно. На первый взгляд, она образована от мужского имени Нил, которое пришло из греческого языка (Neilos — название реки Нил). Имя было известно в святцах благодаря святому Нилу Постнику, и на Руси его давали, хоть и нечасто. Отсюда логичная версия: предок носителя фамилии был человеком по имени Нил, и его сына прозвали «Ниленко» — по отцу.

Но есть и другая, более народная версия. В украинских и южнорусских говорах слово «нилий» могло означать «вялый», «слабый», «хилый». Существовало и прозвище Нил в значении «неповоротливый, медлительный человек». В этом случае фамилия Ниленко пошла бы не от церковного имени, а от уличного прозвища, которое давали по характеру или внешности. Такое объяснение правдоподобно для крестьянской среды, где прозвища были живучее редких календарных имён.

С географической точки зрения фамилия плотно привязана к левобережной Украине — Черниговская, Полтавская, Сумская области. Там фамилии на -енко в XVII–XVIII веках стали массово фиксироваться у казаков и мещан. Ниленко, скорее всего, относится к числу именно таких «рядовых» казацких фамилий, которые не указывали на знатное происхождение, а просто закрепляли родовое имя.

Любопытная деталь: в некоторых старых метрических книгах фамилию могли записать как Ныленко (через «ы»), что как раз выдаёт диалектное произношение — «нилый» на юге звучало как «нылый». Это ещё один аргумент в пользу прозвищной версии: церковное имя Нил так бы не исказили.

В итоге: скорее всего, Ниленко — это потомок либо человека по имени Нил, либо носителя прозвища Нил/Нилий. Точно сказать, какой вариант верен для конкретной семьи, можно только по ранним документам, но оба корня ведут в одну среду — украинское крестьянство и казачество.