Основой фамилии Нилова послужило церковное имя Нил. Фамилия Нилова ведет свое начало от христианского мужского имени Нил. Предположительно, оно является краткой формой канонического имени Нилей, которое носил отец Нестор. Не исключено, что имя было образовано от названия реки Нил. Известно также, что на территории Польши протекает река с похожим названием – Ниль. Она является небольшим притоком реки Пжирва и берет свое начало в селе Заполе. Можно предположить, что предок обладателя данной фамилии проживал в одном из польских поселений на берегах Нили. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Нил, со временем получил фамилию Нилова.