Фамилия Нинеев — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Чтобы понять её корни, нужно отбросить современные ассоциации и обратиться к диалектам и старым именам.

Самая вероятная версия — фамилия образована от нецерковного имени или прозвища Ниней. В русских говорах слово «ниней» (или «ниня») могло означать «нянька», «воспитатель», «тот, кто нянчится с детьми». Прозвище давали заботливому мужчине, возможно, старшему в семье, который присматривал за младшими, или же человеку с мягким, неконфликтным характером. Модель образования проста: к основе «Ниней» добавился патронимический суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — Нинеев сын). Такая модель типична для фамилий, возникших из прозвищ или мирских имён на -ей (сравните: Андрей → Андреев, Матвей → Матвеев, но в случае с Нинеем имя было некалендарным).

Есть и альтернативная, менее вероятная гипотеза, которую обычно выдвигают, когда сталкиваются с похожими фамилиями. Иногда Нинеевых ошибочно связывают с библейским Ниневией (столицей Ассирии). Однако прямой связи нет: в русской ономастике фамилии от географических названий такого типа образуются через суффикс -ский (Ниневийский, Ниневский), а не через -ев. Кроме того, в крестьянской среде, где и сформировалось большинство русских фамилий, библейская топонимика была нехарактерным источником для прозвищ.

Фамилия Нинеев встречается крайне редко. Основной ареал — центральные и северные регионы России, где были распространены диалектные слова с корнем «нин-». Сословной привязки нет: носитель фамилии мог быть как крестьянином, так и мещанином. В дореволюционных документах фамилия фиксируется в написании «Нинеевъ», что подтверждает её происхождение от имени/прозвища, а не от иноязычного заимствования.