Фамилия Нищакова — женская форма фамилии Нищаков, и её происхождение связано, скорее всего, с прозвищем, а не с именем. Основа «Нищ-» в русских говорах имеет прямое значение — «нищий», «бедный». Однако не спешите делать вывод, что предок был попрошайкой. В старину прозвище Нищак могли дать не столько за реальную бедность, сколько за внешний вид, привычку жаловаться на жизнь или даже как охранительное имя — чтобы злые духи не позарились на ребёнка, посчитав его «нищим» и не стоящим внимания.

Суффикс «-ак» в русской антропонимии (как в фамилиях Рыжак, Глушак, Чужак) указывает на носителя признака. Нищак — человек, которого характеризуют как «нищего». Модель образования фамилии стандартная: прозвище Нищак + патронимический суффикс «-ов» (чей? — Нищаков), то есть потомок Нищака. Географически фамилия редкая, её очаги, вероятно, находятся в северных и центральных областях России, где такие прозвища были более живучи. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» эта фамилия не относится к числу массовых, что подтверждает её локальный и недворянский характер.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с диалектным словом «нищеко» — «гнусавый», «говорящий в нос». В этом случае прозвище могло характеризовать манеру речи, а не достаток. Но первая версия — от «нищий» — более прозрачна и подтверждается типичной для русских прозвищ моделью.

Таким образом, носители фамилии Нищакова — потомки человека, которого в своей среде прозвали Нищаком. Сословно это, скорее всего, крестьяне или посадские люди, не имевшие отношения к знати. Фамилия не даёт намёка на профессию, зато сохранила бытовое прозвище, которое в XVI–XVII веках могло звучать иронично или даже ласково.